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如果您在苹果手机上删除了短信，但仍然显示未读短信，可能是因为以下原因。
1、同步问题：如果您在iCloud或其他同步服务中启用了短信同步，即使删除了手机上的短信，但在其他设备上的短信可能仍然显示为未读状态，您可以检查并关闭短信同步功能，或者在其他设备上清除短信来解决这个问题。
2、短信应用缓存问题：短信应用的缓存可能会导致显示错误，您可以尝试重启设备或清除短信应用的缓存和数据来解决这个问题。
3、系统错误：在某些情况下，系统错误也可能导致短信显示异常，您可以尝试更新系统或恢复设备到出厂设置来解决这个问题。
如果以上方法都无法解决问题，建议您联系苹果官方客服寻求帮助，他们可能会提供更具体的解决方案。